Еще недавно киргизско-узбекская граница была зоной непрекращающихся конфликтов. Они подпитывались нерешенными проблемами Ферганской долины, но их основная причина крылась в несогласованности линии прохождения госграницы. Во время визита С. Жээнбекова в Узбекистан стороны высказали твердое намерение имеющиеся пограничные проблемы решить.